Le musée de zoologie de l'Université du Michigan indique que les principaux ennemis, ou prédateurs, des manchots empereurs sont les pétrels géants, les labbes antarctiques, les phoques léopards et les épaulards. Les pétrels et les labbes, tous deux des oiseaux par temps froid, se nourrissent de poussins dans les colonies de manchots. Les estimations suggèrent que 7 à 34 pour cent des poussins deviennent des proies.
Les phoques léopards chassent les jeunes manchots lorsqu'ils vont en mer, mais les empereurs adultes sont également des cibles. Les épaulards ont tendance à s'en prendre aux oiseaux adultes. Les manchots empereurs surveillent les prédateurs et avertissent les autres dans leurs colonies lorsque le danger approche. De plus, National Geographic déclare que lorsque les manchots empereurs sont dans l'eau, ils sont capables de brusques et brèves accélérations qui les aident à échapper aux phoques.
