Après avoir rencontré Jill Rhodes en 1992, Sean Hannity l'a épousée en 1993, malgré l'opposition de leur pasteur et de ses collègues. Le couple a deux enfants ensemble, à partir de 2015.
En 1992, Hannity travaillait à Huntsville, en Alabama, où il avait sa propre émission de radio l'après-midi. Il a organisé un débat à la mairie de la ville, où il a rencontré Rhodes, un écrivain pour The Huntsville Times. Les deux sont sortis ensemble pendant trois mois, et quand Hannity a accepté une offre pour une émission de radio à Atlanta, en Géorgie, il lui a demandé de déménager avec lui. Elle a accepté, à condition qu'ils se marient.
Hannity s'est disputée politiquement avec le pasteur du couple lors de la consultation pré-mariage lorsque Hannity a dit au pasteur que l'église était devenue trop libérale, et le pasteur a dit à Rhodes qu'elle était folle d'épouser Hannity. Ses collègues du journal lui ont également recommandé de ne pas l'épouser, en raison de son travail d'animateur radio. Malgré cela, le couple s'est marié le 9 janvier 1993. Hannity a déclaré que le pasteur avait également épousé de nombreux amis du couple, mais Hannity et Rhodes sont le seul couple encore marié.
Le couple a un garçon et une fille. Leur fils, Patrick, est né en 2005. Leur fille, Merri Kelly, est née en 2008.
