Le nettoyage en profondeur arrête la progression de la maladie parodontale, prévient la détérioration des os et des tissus soutenant les dents et favorise la repousse des gencives. Un nettoyage en profondeur n'est pas la même chose qu'un nettoyage dentaire de routine, et il n'est bénéfique que pour les patients souffrant d'une maladie des gencives ou d'une plaque détectée sous la ligne des gencives.
Les bactéries, ainsi que la plaque et le tartre qui se forment sur les dents et qui ne sont pas éliminés par un nettoyage dentaire régulier, se frayent un chemin sous la ligne des gencives, provoquant une inflammation qui éloigne les gencives des dents, créant des poches. Ces poches emprisonnent la nourriture et les bactéries, aggravant le problème à mesure que l'infection et l'inflammation se dirigent vers la racine de la dent et l'os qui soutient la dent.
Pendant le nettoyage en profondeur, le rabotage et le détartrage avec un outil de grattage ou un outil à ultrasons éliminent les bactéries, la plaque et le tartre des gencives et de la dent jusqu'à ses racines. Cela laisse une surface lisse sur la dent pour que les gencives se rattachent. Des antibiotiques sont prescrits pour une utilisation avant et après la procédure, ou un morceau de fibre antibiotique peut être laissé entre les gencives et les dents pour traiter l'infection existante et prévenir l'infection de toute bactérie qui pénètre dans la circulation sanguine pendant le nettoyage en profondeur.