Le système connu sous le nom de fleuve Nil traverse les pays de la Tanzanie, de l'Ouganda, du Rwanda, du Burundi, de la République démocratique du Congo, du Kenya, de l'Éthiopie, de l'Érythrée, du Soudan du Sud, du Soudan et de l'Égypte. Les pays traversés par le Nil blanc sont le Soudan, le Soudan du Sud, le Rwanda, la Tanzanie, l'Ouganda et la République démocratique du Congo. Le Nil Bleu traverse l'Éthiopie et le Soudan. La majeure partie du Nil traverse le Soudan et l'Égypte.
Le Nil Blanc est la principale source du Nil et il commence aux points de rencontre des rivières qui s'écoulent de la région des Grands Lacs d'Afrique. La deuxième source principale du Nil est le Nil Bleu, qui prend sa source au lac Tana en Éthiopie. Lorsque ces rivières se rejoignent, la rivière résultante est simplement connue sous le nom de fleuve Nil. D'autres sources considérées comme faisant partie du Nil comprennent la rivière Ruvyironza au Burundi et la rivière Nyabarongo au Rwanda. La partie du fleuve qui part du lac Victoria en Ouganda est connue sous le nom de Victoria Nile. Au total, le système fluvial considéré comme le Nil s'étend sur un total de miles 4,258, l'embouchure du fleuve étant située le long de la côte égyptienne de la mer Méditerranée. Les principales villes qu'il traverse sont Juba au Soudan du Sud, Le Caire en Égypte, Khartoum au Soudan et Jinja en Ouganda.
