Les ressources naturelles du Missouri comprennent le plomb, le zinc, le minerai de fer, la dolomie, la barytine, le calcaire, le cuivre, le granit, le marbre, le grès, le sol pour les activités agricoles et de nombreux lacs et rivières. Le Missouri produit 90 % du plomb non recyclé aux États-Unis, en août 2014. Les produits agricoles comprennent le soja, le maïs, le foin, le bétail, les dindes et les poulets.
Le Missouri compte plus de 300 mines, responsables d'une activité économique de 8 milliards de dollars, en août 2014. Les mines du Missouri emploient plus de 30 000 personnes. Le Missouri est le premier État producteur de plomb, et 80 pour cent du plomb extrait dans le Missouri va dans les batteries de voiture. Le Missouri est également le premier producteur de chaux aux États-Unis, dont la majeure partie est destinée à la production de ciment. L'État Show-Me est troisième pour le zinc, cinquième pour le cuivre et sixième pour l'extraction d'argent des 50 États.
Les voies navigables du Missouri comprennent des rivières telles que le Missouri, le Mississippi, la Platte, l'Osage, le Meramec, la Gasconade, le Saint-François et le Courant. Les plus grands lacs de l'État, tous artificiels, comprennent le lac des Ozarks, Table Rock, Stockton et Bull Shoals.
Les principales espèces de poissons dans les lacs et les rivières de l'État comprennent le poisson-chat, la truite, l'achigan, la marigane, le doré et la perche. La plus petite espèce de poisson du Missouri est le moins dard à 1,5 pouces, et le plus grand est l'énorme spatulaire à plus de 100 livres.