L'application Flow Free comprend des fonctionnalités telles que plus de 1 500 disponibles gratuitement en mode Free Play, 10 variantes de taille de plateau et des packs contenant des niveaux supplémentaires que les utilisateurs peuvent acheter. L'application propose également des packs de niveaux gratuits des séries Classic, Mania et Extreme. Les autres fonctionnalités incluent la section Game Center qui suit les réalisations au fur et à mesure que les joueurs terminent les niveaux et un mode contre-la-montre dans lequel les joueurs essaient de résoudre les niveaux le plus rapidement possible.
L'application comprend 20 variantes de contre-la-montre avec différentes tailles de tableau et durées cibles. L'interface utilisateur est colorée et propose divers effets sonores. Flow Free utilise des graphiques vectoriels pour représenter les formes de couleurs différentes et inclut une option pour étiqueter les formes pour les joueurs daltoniens. La dernière version de l'application à partir de 2016 a ajouté la fonctionnalité Daily Puzzles, permettant aux utilisateurs de jouer de nouveaux ensembles de niveaux et de gagner de nouvelles réalisations chaque jour. Cette mise à jour a également ajouté la prise en charge de différentes langues, dont l'espagnol, le français, le japonais et le russe, entre autres.
L'application détecte automatiquement la langue appropriée en fonction des paramètres système et permet aux utilisateurs de la modifier à la volée dans le menu des paramètres du jeu. Flow Free utilise des étoiles pour indiquer quand un joueur termine un niveau sans commettre d'erreur. Les niveaux marqués d'une coche comptent comme terminés, mais cela signifie que le joueur a franchi plusieurs chemins en le complétant. En plus des packs de niveaux, l'application comprend également des astuces que les joueurs peuvent acheter en packs de cinq et de 20.
