Les deux principales différences entre les croyances méthodistes et presbytériennes sont que les méthodistes rejettent la doctrine calviniste de la prédestination alors que les presbytériens l'acceptent et que l'église méthodiste est organisée selon des lignes épiscopales traditionnelles, alors que les presbytériens ont leur propre système unique de direction par anciens (ou "presbytres"). Sinon, ces deux confessions chrétiennes partagent bon nombre des mêmes qualités.
L'acceptation ou le rejet de la doctrine calviniste de la prédestination est une différence fondamentale et de grande envergure. En bref, la doctrine de Jean Calvin soutient que seules certaines personnes sont destinées au salut, tandis que les autres sont destinées (ou "dévouées" par Dieu) à la damnation.
En d'autres termes, contrairement à toutes les autres grandes confessions chrétiennes, les presbytériens croient que Dieu a activement sélectionné des personnes pour répondre à son invitation de salut.
L'organisation du presbytérianisme est une autre différence importante. Les anciens sont élus et ordonnés à des postes d'autorité par les laïcs. Leur rôle est alors de servir les intérêts de leur congrégation en tant que membre d'un organe directeur, ou « session ». Lorsqu'un certain nombre de sessions se réunissent pour discuter des affaires de l'église, elles sont appelées « presbytère ». Collectivement, plusieurs consistoires sont appelés un «synode». Lorsqu'ils se réunissent pour discuter de questions relatives à la dénomination dans son ensemble, les synodes forment l'"Assemblée générale" presbytérienne.
