L'origine du nom « Wisconsin » a été fortement débattue, mais de nombreux historiens pensent qu'il est dérivé du mot amérindien de Miami « Meskonsing », qui signifie « fleuve qui traverse un lieu rouge ». Meskonsing était l'un des premiers noms de la rivière Wisconsin, qui contient des rives de grès rouge.
Meskonsing est une orthographe française du nom indien de Miami "Meskousing" ou "Mescousin". En 1674, l'explorateur René Robert Cavelier, sieur de La Salle répandit accidentellement la prononciation française « Ouisconsin » après avoir mal lu les lettres cursives dans le journal d'un missionnaire. Dans les années 1820, les politiciens américains ont progressivement adopté l'orthographe phonétique anglaise « Wisconsin » et ont popularisé son utilisation en l'incluant dans les publications gouvernementales. En juillet 1836, cette version moderne était acceptée comme orthographe officielle.