Selon The Flag Foundation of Nigeria, la bande blanche verticale centrale du drapeau nigérian représente la paix et l'unité, et fait également allusion au fleuve Niger, qui traverse le pays et lui donne son nom. Les rayures vertes qui flanquent la section blanche symbolisent l'agriculture luxuriante du Nigeria.
Le Nigéria a adopté de manière informelle ce drapeau en 1959. Il a été conçu par un étudiant en ingénierie nigérian résidant à Londres, Michael Taiwo Akinkunmi. Il a soumis sa proposition après avoir vu une publicité pour le concours du drapeau national en lisant un journal nigérian à la bibliothèque. Selon Akinkunmi, il a été inspiré par la vue des champs verts du Nigeria présentés ci-dessous alors qu'il s'envolait pour l'Angleterre.
À l'origine, le dessin comprenait un soleil rouge stylisé avec une alternance de rayons longs et courts dans la section blanche centrale, mais les juges ont omis cet élément. Le drapeau d'Akinkunmi a été choisi parmi près de 3 000 candidatures. Le prix de 100 livres lui a été décerné à l'ambassade du Nigéria à Londres.
Le Nigéria est devenu une nation indépendante le 1er octobre 1960. Le même jour, à 0 h 00 précises, le motif vert et blanc d'Akinkunmi a été hissé sur le mât en tant que drapeau officiel du pays, remplaçant le drapeau de la Grande-Bretagne.