La différence entre un chihuahua à tête de poire et un chihuahua à tête de pomme est la forme du crâne. Un chihuahua à tête de pomme a un crâne rond et bombé qui ressemble à une pomme. La forme à tête de poire ou de cerf est plus plate sur le dessus avec un museau plus long, ressemblant plus à une poire qu'à une pomme.
Selon la norme officielle de l'American Chihuahua Breed Club, l'apparence correcte d'un Chihuahua est toujours la "tête de pomme". La tête du chien doit avoir une forme ronde en forme de dôme. Les généticiens pensent que la forme de la pomme est le résultat d'une combinaison de mutations provoquant la brachycéphalie et l'hydrocéphalie. La brachycéphalie est une malformation du crâne qui provoque son « écrasement » devant, entraînant un museau raccourci. L'hydrocéphalie est une quantité excessive de liquide autour du cerveau, ce qui peut causer de graves problèmes de santé. La forme du cerf semble être quelque peu brachycéphale, mais il manque le dôme lié à l'hydrocéphalie. Les chiens à tête de poire souffrent de moins de problèmes de santé et peuvent être plus faciles à dresser à l'obéissance, peut-être parce qu'ils n'ont pas d'hydrocéphalie.
Selon l'American Chihuahua Breed Club, de nombreux Chihuahuas souffrent de problèmes de santé liés à l'hydrocéphalie. Les symptômes de l'hydrocéphalie obstructive comprennent la somnolence, l'agressivité, la difficulté à s'entraîner à la maison, une démarche altérée et, dans les cas extrêmes, des convulsions. Cependant, si le Chihuahua a une hydrocéphalie non obstructive, il peut n'y avoir aucun signe clinique apparent.