Les perles d'eau douce et d'eau salée diffèrent en termes de lustre, de durabilité, de taille et de mode de croissance des perles. Les perles d'eau douce ont un lustre plus doux et moins brillant, tandis que les perles d'eau salée ont un lustre brillant et superficiel. Les perles d'eau douce sont généralement plus durables car elles ont une nacre beaucoup plus épaisse que les perles d'eau salée.
Le noyau inséré dans les perles d'eau douce est petit, ce qui rend le morceau de perle résultant presque entièrement en nacre. Habituellement, il faut quatre à six ans pour faire pousser des perles d'eau douce, tandis que les perles d'eau salée prennent six à 18 mois pour pousser. Ce sont les raisons pour lesquelles les perles d'eau salée ont un revêtement de nacre plus fin et sont de plus petite taille. Les perles d'eau douce poussent dans une variété de formes contrairement aux perles d'eau salée qui sont rondes.