De nombreuses espèces d'animaux mangent des abeilles mellifères, y compris d'autres insectes, amphibiens, oiseaux et mammifères. Les mammifères tuent plus d'abeilles que les autres vertébrés, les ours et les blaireaux mellifères étant parmi les tueurs d'abeilles les plus prolifiques. Plusieurs types de guêpes et d'araignées se spécialisent dans la chasse aux abeilles.
La prédation directe n'est pas la seule façon dont les abeilles sont menacées. D'autres espèces consomment leurs larves, le miel et même la cire d'abeille de leurs ruches. Les larves de la pyrale de la cire, les coléoptères des ruches et certains types de fourmis peuvent vivre et se nourrir dans la ruche. Certaines espèces, comme le grand oiseau guide du miel et le blaireau à miel, travaillent en fait ensemble pour trouver et détruire les ruches.