Les cerisiers à fleurs sont sensibles à un certain nombre de maladies fongiques, notamment la pourriture brune (également appelée brûlure de la fleur), le noueux noir et le dépérissement d'Eutypa. Une fois qu'un arbre est infecté par un champignon, il n'y a pas de remède. Les membres endommagés doivent être retirés et éliminés avec précaution loin du jardin. Ces maladies fongiques courantes peuvent gravement endommager ou tuer un cerisier en fleurs.
La pourriture brune infecte les fleurs du cerisier au moment où elles commencent à se faner au printemps. Il apparaît d'abord sous la forme de minuscules points noirs sur les fleurs et s'étend aux membres, descendant les membres jusqu'au tronc. Les membres infectés par la pourriture brune doivent être élagués à au moins 8 pouces de l'infection. Le nœud noir se propage également au printemps. Il hiverne à l'intérieur des nœuds sur les arbres jusqu'à ce que la chaleur et l'humidité du printemps libèrent et dispersent les spores. Il apparaît d'abord sur les arbres sous forme de nœuds liégeux qui deviennent lentement verts, puis noirs. L'infection du nœud noir interfère avec le système circulatoire d'un arbre, provoquant le flétrissement et la mort des membres. Toutes les branches noueuses doivent être élaguées, à au moins 3 pouces sous le nœud, pendant l'hiver et au début du printemps.
Le champignon Eutypa lata provoque le dépérissement des cerisiers à la fin du printemps et en été. Il pénètre dans l'arbre sous forme de gouttes d'eau à travers les sites d'élagage, provoquant le flétrissement et la mort soudaine des branches. Les membres fanés doivent être élagués à au moins un pied de l'infection. Avec toutes les infections fongiques, le matériel d'élagage doit être désinfecté entre chaque coupe et entre les arbres pour éviter sa propagation. Les fongicides peuvent aider à prévenir l'infection s'ils sont utilisés au début du printemps.
