Les singes araignées sont en danger principalement en raison de la perte de leur habitat et de la chasse. Leur taux de reproduction lent les rend également vulnérables, car une femelle singe-araignée n'a qu'un bébé tous les deux à quatre ans.
La perte d'habitat des singes-araignées est due à l'exploitation forestière ainsi qu'au défrichement pour l'utilisation des terres telles que l'agriculture sur brûlis, l'élevage de bétail et l'agriculture commerciale pour des cultures telles que le café, le cacao et le soja. Les plantations de bois remplacent les forêts indigènes. L'extraction de bauxite, d'argile, de granit et de sable provoque la déforestation, l'érosion et la pollution des réserves d'eau douce. La récolte illégale de palmiers décime des peuplements entiers de palmiers. Les autoroutes, les terres agricoles et les zones urbaines interrompent les habitats et, comme ils préfèrent les vieilles forêts et évitent les zones perturbées, les singes araignées ne réagissent pas bien à la fragmentation de l'habitat. Dans certaines régions, les singes araignées sont chassés pour le sport et pour se nourrir. Ils sont également capturés pour le trafic d'animaux de compagnie.
Depuis 2014, les efforts visant à protéger les singes araignées incluent des recherches sur la taille et l'état des populations actuelles, l'efficacité des zones protégées et l'étendue du braconnage. Un certain nombre de parcs nationaux, parcs d'État et zones de protection de l'environnement sont établis dans des pays d'Amérique du Sud tels que le Brésil, la Colombie, l'Équateur, le Pérou et le Venezuela. Cependant, dans certaines régions, la présence d'insurgés politiques et militaires ainsi que le manque de gardes forestiers rendent l'application problématique.
