Il existe de nombreuses théories expliquant pourquoi les Anasazi ont disparu, mais il n'y a aucune preuve solide qui donne une raison spécifique. On soupçonnait auparavant que la sécheresse de la fin des années 1200 les a chassés de leurs foyers de longue date. , mais d'autres découvertes ont montré que cela n'aurait pas suffi à les chasser.
L'idée que ces personnes ont totalement disparu est également un abus de langage. Les Indiens Pueblo d'aujourd'hui sont les descendants directs de cette race de personnes, ils n'ont donc jamais vraiment disparu. Les preuves montrent que les Anasazi ont peut-être choisi de partir parce qu'ils étaient restés trop longtemps dans la région et que la terre était utilisée jusqu'à ses limites.