L'eau du puits peut se salir lorsqu'il y a un manque d'entretien dans le système de puits, ce qui peut entraîner une détérioration. Les puits peuvent devoir être nettoyés, et parce que certaines personnes ne le font jamais, l'eau peut devenir sale.
Cela peut arriver en quelques années seulement si le puits n'est pas correctement nettoyé. Trop de fer, de manganèse et de sulfure d'hydrogène gazeux peuvent contaminer l'eau de puits. Les personnes qui ont ce problème peuvent remarquer une odeur désagréable provenant de leur système d'eau. Cela peut devenir un problème important, remplissant une maison d'une odeur d'égout ou de soufre.
Les puits peuvent également être contaminés par des bactéries, comme des coliformes et d'autres types de bactéries. Une numération sur plaque hétérotrophe peut être utilisée pour déterminer la quantité de bactéries dans l'eau. Bien que ce test ne puisse pas être très spécifique, il donne une bonne somme de l'état du puits.
Lorsque les bactéries deviennent un problème, les puits doivent être nettoyés et décontaminés. Si cela n'est pas fait, le puits devient un terrain fertile pour les bactéries. Les bactéries peuvent pénétrer dans les vêtements qui sont lavés, ainsi que dans les assiettes, les appareils électroménagers et sur le corps des gens lorsqu'ils essaient de prendre une douche. Ce n'est pas seulement sale, c'est malsain, car ces bactéries peuvent causer des maladies.