Dans les pays développés, les déchets humains transitent généralement par une série de canalisations d'égout après avoir été jetés dans les toilettes. Les déchets sont ensuite acheminés vers une installation de traitement où l'eau est nettoyée avant d'être pompée dans les réservoirs d'eau locaux. Dans le monde en développement, de nombreuses régions ne disposent pas d'une telle technologie d'assainissement ; par conséquent, les résidents utilisent des latrines ou des zones isolées. Dans ces cas, les déchets se décomposent lentement.
Bien que le processus varie d'une installation à l'autre, la plupart des opérations de traitement des déchets nettoient l'eau en filtrant d'abord l'eau, puis en utilisant des bactéries pour décomposer les solides. Enfin, une combinaison de chlore, d'oxygène et de rayonnement ultraviolet est utilisée pour tuer tous les micro-organismes encore présents. L'eau est ensuite rejetée dans les rivières ou les lacs locaux. Parfois, les agriculteurs utilisent les solides qui ont été filtrés des eaux usées comme engrais pour leurs cultures.
Souvent, les installations de traitement des déchets doivent également accueillir les eaux de ruissellement des routes et les « eaux grises » des éviers et des douches. En conséquence, de fortes pluies peuvent submerger le système, provoquant l'entrée d'eau non traitée et chargée de bactéries dans les cours d'eau locaux. Cela endommage les écosystèmes locaux et rend souvent les résidents locaux malades.
Dans les régions sous-développées sans technologie d'assainissement appropriée, les gens courent un grand risque de maladie. Selon LiveScience, 1,4 million d'enfants meurent chaque année à cause des déchets humains non traités.