Bien que la FDA n'ait autorisé aucun désinfectant liquide utilisant de l'alcool comme agent principal pour une utilisation en milieu clinique, l'alcool isopropylique s'est avéré efficace pour tuer les micro-organismes dans certaines conditions, selon les Centers for Disease Control and Prevention. Parmi les différents types d'alcools disponibles pour la stérilisation, l'alcool isopropylique est systématiquement l'un des plus bactéricides.
Comme indiqué par le CDC, des essais cliniques ont été menés sur l'alcool méthylique, l'alcool éthylique et l'alcool isopropylique pour déterminer leur efficacité relative dans la stérilisation des surfaces. Toutes les formes d'alcool ont subi une baisse significative de leur efficacité lorsqu'elles ont été diluées à des concentrations inférieures à 50 pour cent. Aucun ne s'est avéré capable de tuer les spores bactériennes ou de pénétrer dans les couches épaisses de protéines. Parmi les variétés testées, cependant, l'alcool isopropylique a démontré une capacité à tuer les virus de l'hépatite B et de l'herpès. Il était légèrement plus efficace que l'alcool éthylique pour désinfecter les populations d'E. coli et de S. aureus.
Il a également été constaté que l'alcool isopropylique était efficace pour désinfecter les têtes de transducteur réutilisables. Le CDC avertit cependant que les germicides à base d'alcool ne sont généralement pas recommandés pour la stérilisation des instruments chirurgicaux. En effet, aucun des agents testés n'a été capable d'éliminer de manière fiable les spores de divers bacilles, et des infections mortelles ont parfois été attribuées à l'utilisation d'instruments traités à l'alcool.
