Il n'existe aucun moyen sûr mais efficace de tuer les chauves-souris en masse. Si un dortoir de chauves-souris est un problème, il est préférable et généralement plus facile d'utiliser un filet au-dessus des trous pour les faire sortir définitivement. Dans la plupart des juridictions, tuer des chauves-souris est illégal, et ceux qui tentent de tuer des chauves-souris peuvent être frappés de très lourdes amendes.
Les chauves-souris mangent des insectes vivants et sont aptes à les attraper dans les airs. Par conséquent, les tentatives pour leur faire ingérer des insectes empoisonnés sont généralement infructueuses. Les poisons en aérosol sont tout aussi inefficaces car les chauves-souris peuvent s'envoler rapidement hors de la zone.
Contrairement aux insectes, les chauves-souris sont des mammifères, et les poisons qui affectent les petits mammifères peuvent également affecter les humains. Une quantité mortelle de DDT pour les chauves-souris, par exemple, constituerait également un danger pour la famille à l'intérieur de la maison. De plus, les chauves-souris ont de gros muscles qui se brisent lorsqu'elles meurent, provoquant une odeur nauséabonde. Si ces chauves-souris meurent à l'intérieur de la maison ou dans les murs, l'odeur peut persister.
L'élimination des chauves-souris consiste généralement à installer un filet en forme de manche à air autour des trous par lesquels elles entrent et sortent. Ce filet leur permet de sortir mais pas d'entrer.
Les chauves-souris sont généralement inoffensives pour les humains et elles mangent beaucoup d'insectes, jusqu'à 8 000 par nuit. Les chauves-souris mangent souvent des moustiques, qui sont liés au paludisme, aux vers du cœur et à la fièvre du Nil occidental.