Différentes sous-espèces de salamandres et de tritons respirent différemment à différents stades de la vie. Les salamandres sirènes utilisent des branchies pour respirer tout au long de leur vie, tandis que les salamandres tigrées n'utilisent des branchies que tôt dans la vie, puis développent la capacité de respirer à travers leurs poumons développés. La plupart des salamandres respirent par la peau et les membranes situées dans la bouche et la gorge, car elles n'ont ni branchies ni poumons pour respirer.
L'une des raisons pour lesquelles différents types de salamandres respirent différemment est que diverses sous-espèces de salamandres vivent dans des environnements différents. Par exemple, la salamandre sirène doit être capable de respirer sous l'eau, ce qui explique son utilisation de branchies tout au long de sa vie. La salamandre tigrée perd ses branchies à l'âge adulte, ce qui l'oblige à pouvoir respirer par les poumons.
La majorité des salamandres respirent à travers une combinaison de leur peau et des membranes de la bouche et de la gorge. Ces salamandres sans poumons, ainsi que d'autres salamandres, doivent avoir une peau humide pour survivre. Les salamandres peuvent mourir si leur peau devient trop sèche ou surchauffée. Alors que certaines salamandres passent toute leur vie dans l'eau afin de maintenir leur peau humide, comme les salamandres à branchies comme les salamandres à sirène, d'autres ont recours à l'abri du soleil en se cachant sous les rochers ou en plongeant occasionnellement dans de petites flaques d'eau. Certaines salamandres se sont tellement habituées à vivre dans des espaces sombres et humides qu'elles ont diminué la taille des yeux et la peau pâle.