La meilleure façon de nettoyer les conduites de sirop d'une fontaine à soda est de rincer le système de tubes avec une solution de nettoyage en vente libre dépourvue d'eau de Javel. L'eau de Javel corrode le plastique dans les tubes et peut causer des problèmes de santé. Ces solutions de nettoyage sont conçues sous forme de sacs dans une boîte, similaires aux boîtes d'approvisionnement en sirop utilisées dans les fontaines à soda.
Les sachets d'approvisionnement en sirop sont reliés aux tubes du dispensaire à l'aide d'un adaptateur BIB. Ce même adaptateur est utilisé pour connecter les solutions de nettoyage en boîte au système de tube de fontaine à soda. Ce processus de nettoyage fonctionne exactement de la même manière que lorsque la machine à soda distribue du sirop. La solution de nettoyage est raccordée à la fontaine à soda où les sacs d'approvisionnement en sirop sont normalement stockés. Ensuite, le levier à l'avant du distributeur de soda doit être enfoncé, permettant à la solution de nettoyage de rincer le système. La solution de nettoyage doit être passée dans le système de tubes pendant 15 à 20 minutes.
Time Magazine a publié un article soulignant la nécessité de nettoyer et de rincer régulièrement les systèmes de tubes de sirop de fontaine à soda. L'article indique qu'après avoir mené une étude sur 30 systèmes de fontaines à soda différents en Virginie, 48% se sont avérés contenir des bactéries coliformes, normalement associées aux excréments humains et animaux.