L'American Society for Microbiology n'a pas encore trouvé d'archébactéries qui causent des maladies ou qui soit nocive pour le corps humain. Bien que ces micro-organismes présentent de nombreuses caractéristiques d'autres bactéries pathogènes, leur connaissance est limité.
Les méthanogènes sont une souche d'archae qui a été trouvée dans le corps humain. On se demande si elles sont nocives ou bénéfiques. La difficulté d'isoler et de cultiver ces bactéries est en partie la raison pour laquelle si peu de choses peuvent être prouvées à leur sujet. On sait qu'ils ne survivront et se développeront que dans un environnement anaérobie. Ils font partie des formes de vie les plus abondantes de la planète.
