Les alligators se reproduisent par fertilisation interne, s'accouplent la nuit et pondent finalement 35 à 50 œufs dans une petite fosse, qui est ensuite recouverte d'un nid de végétation en décomposition. Environ cinq fois plus de femelles éclosent en tant que mâles après une incubation de 65 jours, le sexe de la progéniture étant déterminé par la température plutôt que par les différences génétiques. La mère garde les œufs et les déterre dès qu'ils commencent à éclore.
Malgré leur protection parentale initiale, les alligators ne fournissent aucune nourriture à leurs petits et les abandonnent rapidement après l'éclosion, et environ 80 % sont perdus à cause de la prédation très tôt dans leur vie. Ils compensent cela en pondant un grand nombre d'œufs relativement petits, de sorte que certains survivent malgré les pertes élevées.
Les femelles naissent plus grosses que les mâles, bien que les mâles finissent par devenir plus gros. Il y a beaucoup plus de femelles alligators que de mâles, et chaque mâle dominant s'accouple avec jusqu'à 10 femelles différentes sur son territoire. Il attire les femelles avec des rugissements et des grondements, dont beaucoup sont inférieurs à la portée de l'audition humaine et provoquent des perturbations évidentes dans l'eau.
Les alligators sont similaires à bien des égards aux crocodiles étroitement liés. Les principales différences sont que les alligators ont un museau plus large et que seules leurs dents supérieures sont exposées lorsque leur bouche est fermée.
