L'alligator s'adapte à son environnement en s'appuyant sur sa peau camouflée, la position de ses yeux et de ses narines, la capacité de ses oreilles à se fermer et ses organes spécialisés. Les poumons et le cœur de l'alligator sont adapté aux longues périodes d'immersion dans l'eau.
L'une des adaptations de l'alligator à son environnement réside dans les poumons et le cœur spécialisés qui lui permettent de rester immergé en toute sécurité dans l'eau. Les poumons sont protégés par une structure qui empêche l'eau d'y pénétrer même lorsque la bouche est ouverte. Le cœur est capable de séparer le sang oxygéné et désoxygéné et d'envoyer le sang riche en oxygène au cerveau afin que l'alligator puisse rester sous l'eau pendant de longues périodes.
Les yeux, le nez et les oreilles de l'alligator sont également adaptés à son environnement aquatique. Ses narines et ses yeux sont situés au-dessus de sa tête afin qu'il puisse rester presque complètement immergé tout en respirant par les narines. Lorsque les yeux sont immergés, une membrane les protège et permet à l'alligator de voir.
Une autre adaptation est la peau d'alligator. La coloration grise et les boutons et bosses sur son corps lui permettent de se fondre dans son environnement, donnant souvent à l'alligator l'apparence d'une bûche et lui permettant de se faufiler sur une proie.