La safranine est utilisée comme colorant pour les textiles et comme teinture pour diverses procédures scientifiques. Les procédures scientifiques qui impliquent la safranine incluent la contre-coloration de Gram, la contre-coloration des endospores, la détection des granules et l'indication redox.
La safranine est un colorant rouge hydrosoluble également appelé phénosafranine, rouge basique 2 et safranine 0. Il est capable de colorer tous les noyaux cellulaires en rouge. La safranine est disponible sous forme de diméthyle ou de triméthyle safranine, dont le comportement et l'apparence sont fondamentalement identiques.
La safranine est couramment utilisée dans la coloration de Gram, ce qui permet de distinguer les groupes de bactéries Gram-positives et Gram-négatives en raison de la composition de la paroi cellulaire. Les deux groupes sont d'abord colorés avec un colorant cristal violet soluble dans l'eau et de l'iode est ajouté à la solution. De l'alcool éthylique ou de l'acétone est ensuite ajouté, ce qui amène les bactéries Gram-positives à retenir le colorant cristal violet et les bactéries Gram-négatives à jeter le colorant cristal violet. Ensuite, de la safranine est ajoutée comme contre-colorant pour les bactéries, colorant les bactéries Gram-négatives en rouge. Les bactéries Gram-positives restent violettes.
Les parois cellulaires des bactéries Gram-positives contiennent une épaisse couche de peptidoglycane, qui permet aux bactéries de conserver la coloration cristal violet. Les bactéries à Gram négatif retiennent la coloration de safranine plutôt que la coloration violette en raison de leurs parois cellulaires de peptidoglycane plus minces.