Il n'est pas possible de voyager dans l'espace dans Pok?mon Emerald. Les joueurs visitent le Mossdeep Space Center au cours du jeu mais ne peuvent pas embarquer dans une fusée pour aller dans l'espace.
La rumeur selon laquelle il est possible d'aller dans l'espace a probablement commencé avec le Pokémon Deoxys, qui proviendrait de l'espace. Deoxys est obtenu à Birth Island dans ce jeu, cependant. Des lancements de tests sont effectués périodiquement à la station, et un scientifique y donne le décompte actuel des tests réussis, mais le joueur ne peut en aucun cas y participer. Le nombre que le scientifique donne correspond en fait au nombre de semaines qui se sont écoulées depuis le début du jeu en cours.
Au cours du jeu, l'équipe Magma prend le contrôle du centre spatial et le joueur doit le lui reprendre. Cet événement se produit peu de temps après que le joueur a obtenu le Mind Badge de Mossdeep Gym. Une fois que Team Magma a pris le contrôle de l'installation, le joueur doit éliminer tous les Grunts Team Magma du premier étage. Une fois cela fait, les joueurs peuvent progresser jusqu'au deuxième étage où ils rencontrent Steven Stone. Stone rejoint le joueur pour une double bataille contre Maxie et Tabatha.
