Anna Stanley a demandé le divorce de Charles Stanley en 1993, selon des informations de CNN. Le divorce est devenu définitif en 2000. Le divorce a mis fin à un mariage de 44 ans.
Le divorce de Charles Stanley avec sa femme était controversé car, en tant qu'évangéliste et fondateur d'In Touch Ministries, il prêchait contre le divorce et défendait une vision stricte du mariage. Son église, First Baptist, a maintenu une politique interdisant aux hommes divorcés de servir en tant que pasteurs ou diacres. Selon Baptist Press, lorsque le divorce de Stanley est devenu définitif, la First Baptist Church a choisi de lui permettre de rester pasteur. Depuis février 2015, Charles Stanley reste le pasteur de la First Baptist Church.