Les principaux plans d'eau de Pennsylvanie sont le lac Érié, la rivière Delaware, le lac Conneaut, le lac Wallenpaupack, la rivière Susquehanna, la rivière Allegheny, la rivière Monongahela et la rivière Ohio. Les rivières Beaver, Clarion et Youghiogheny sont des affluents importants du système fluvial Allegheny-Monongahela-Ohio.
L'État de Pennsylvanie compte environ 250 lacs naturels. La majorité d'entre eux se trouvent dans les régions du nord-est et du nord-ouest. La Pennsylvanie a juridiction sur plus de 21 miles carrés du réservoir Pymatuning, situé à la frontière de l'État de l'Ohio. Près de 46 pour cent de l'eau des Appalaches est drainée par la rivière Susquehanna et ses affluents. La frontière orientale de la Pennsylvanie est formée par la rivière Delaware tandis que sa partie ouest est drainée par les rivières Allegheny et Monongahela.