Les historiens ne savent pas qui étaient les parents de Juan Ponce de Leon, mais ils pensent qu'il était apparenté à Rodrigo Ponce de Leon, le marquis de Cadix. Même son année de naissance exacte est contestée car il On pensait à l'origine qu'il était né en 1460, tandis que d'autres preuves suggèrent qu'il est né en 1474.
Ponce de Leon serait également apparenté à la famille Nunez de Guzman. Au cours de ses premières années, il a travaillé comme écuyer pour Pedro Nunez de Guzman, qui était chevalier commandeur de l'Ordre de Calatrava. Selon l'historien espagnol Gonzalo Fernandez de Oviedo y Valdes, Ponce de Leon est devenu un soldat expérimenté au cours de ses premières années lorsqu'il a aidé à vaincre les Maures à Grenade.
