Un certain nombre de thèmes sont explorés dans "City of Glass", notamment l'homosexualité, l'amour, le christianisme, les figures d'autorité et d'autres croyances religieuses. Les préjugés sont également un thème majeur du livre. Les "Shadowhunters", par exemple, se méfient de certains groupes de personnes, y compris les vampires qui peuvent tolérer la lumière du soleil.
L'amour est l'un des thèmes les plus importants de "City of Glass". L'histoire se concentre sur le voyage de Clary pour sauver sa mère. Il est illégal pour Clary d'entrer dans la ville où sa mère est emprisonnée, c'est donc un voyage dangereux qui nécessite des sacrifices importants.
Il existe également un certain nombre de relations amoureuses entre les personnages tout au long du livre. L'un des principaux vampires du livre, Raphael, utilise le système de croyances du christianisme pour convaincre le reste de sa famille qu'il n'est pas un vampire. En visitant régulièrement une église et en portant une croix, il parvient à éviter d'être repéré. D'autres systèmes de croyance sont également mentionnés dans le livre, notamment l'étoile de David et le sceau de Salomon.
L'homosexualité est un thème qui devient important lorsque le personnage principal, Clary, voit un personnage féminin embrasser une autre fille. Deux personnages masculins sont également impliqués dans une intrigue secondaire homosexuelle dans le livre. De plus, le blasphème est courant dans "City of Glass".
