Les principaux fleuves de Porto Rico sont le fleuve La Plata, le Río Grande de Loíza, le fleuve Bayamón et le Río Grande de Arecibo. Tous les grands fleuves de Porto Rico coulent vers le nord au-dessus des montagnes à l'océan Atlantique.
La rivière La Plata est la plus longue des rivières, située dans la partie nord de l'île. Il fait environ 60 milles de long. Le Río Grande de Loíza est le plus large et le deuxième plus long de l'île, s'étendant sur 40 miles. La rivière Rio Bayamón traverse la municipalité de Bayamon, située dans la vallée côtière du nord. Le Río Grande de Arecibo traverse également la partie nord de l'île, en longeant une gorge de 200 mètres de profondeur et de 800 à 1 200 mètres de large.
Il y a moins de rivières dans la partie sud de l'île, et elles sont généralement plus courtes et moins volumineuses que celles du nord. La plupart des rivières qui coulent vers le sud sont à sec pendant la majeure partie de l'année. Porto Rico n'a pas de lacs naturels et pérennes importants, bien qu'il y ait 15 réservoirs appelés lacs. Ces réservoirs sont formés par l'endiguement des principales rivières.