Les inconvénients de l'utilisation d'un système d'information géographique, ou SIG, sont que sa nature technique peut présenter les résultats comme étant plus fiables qu'ils ne le sont en réalité, et que des erreurs et des hypothèses peuvent être masquées, ce qui entraîne un manque de remise en question résultats. Un autre inconvénient de l'analyse des résultats d'un SIG est que les résultats ne seront aussi précis que les données dont ils proviennent. Pour cette raison, les données peuvent ne pas être en mesure de servir différents contextes, en particulier si les données ne sont pas applicables.
Par exemple, si les données d'entrée sur un SIG sont saisies au niveau du comté, les résultats du SIG ne seront utilisables que pour le niveau du comté, pas pour tout autre niveau, tel que les niveaux du district ou du quartier. La disponibilité des données, en soi, est également un problème majeur. Si les données ne sont pas disponibles, alors le système SIG est inutile.
De plus, les systèmes SIG ne sont pas comme les autres programmes. Ils ne viennent pas "sur étagère", ce qui signifie qu'ils doivent être assemblés et construits selon une conception de l'utilisateur. Cela pourrait être un processus long, complexe et coûteux. Pour cette raison, de nombreux systèmes SIG ne se concrétisent pas ou échouent carrément dans leur mise en œuvre parce que leur création a été précipitée ou mal planifiée.
Les systèmes SIG sont souvent si complexes, en fait, qu'il devient difficile de décrire les avantages intangibles qu'ils peuvent apporter, ce qui rend difficile la recherche de financement pour leur création. De plus, la technologie sous-jacente à la technologie SIG se développe rapidement, ce qui entraîne un taux élevé d'obsolescence des systèmes SIG. Il est également très difficile de créer des programmes SIG à la fois rapides et conviviaux. Les systèmes SIG nécessitent généralement un langage de commande complexe. Les champs de données et leur accessibilité sont également peu compris, et les données peuvent devenir incomplètes, obsolètes ou erronées, rendant le SIG trompeur.
