Le principal inconvénient des packages intégrés est qu'ils sont moins puissants que les applications autonomes. Ils ont généralement moins de fonctionnalités que leurs homologues de packages à usage général.
Comme toutes les applications du package sont chargées à partir d'un seul lancement, elles seront toutes chargées simultanément dans la mémoire, même si la tâche à effectuer est simple et ne nécessite pas beaucoup de puissance de calcul.
Malgré leurs lacunes, les packages intégrés sont généralement moins chers que les programmes séparés. Toutes les applications d'un progiciel intégré ont généralement une interface utilisateur graphique similaire, ce qui rend la commutation entre les applications transparente et simple.
