Il y a plusieurs inconvénients à utiliser les ultrasons en médecine, dont l'un est le risque d'erreur de l'opérateur. Certaines machines produisent également des images avec une résolution limitée.
L'échographie ne peut être utilisée pour étudier aucune partie du corps contenant du gaz, elle n'est donc pas un outil utile pour diagnostiquer les problèmes pulmonaires et digestifs. Ce type d'étude est également très limité lorsqu'il est utilisé pour identifier les fractures et autres problèmes osseux.
Le site Web de CancerQuest indique que certaines échographies peuvent produire des faux positifs, obligeant les patients à subir des biopsies et d'autres procédures invasives qui ne sont pas nécessaires. L'échographie est également incapable de détecter la calcification du tissu mammaire, ce qui la rend moins utile pour détecter certaines formes de cancer du sein.
