Les effets secondaires possibles des pilules d'huile de poisson comprennent des éructations, une mauvaise haleine, des nausées, des brûlures d'estomac et des saignements de nez, selon WebMD. D'autres effets secondaires incluent des selles molles et des éruptions cutanées chez certains utilisateurs. Ceux qui prennent plus que la dose recommandée de 3 grammes par jour peuvent souffrir de problèmes de coagulation sanguine.
Bien que les effets secondaires des suppléments d'huile de poisson soient généralement rares, la prise de ces suppléments avec les repas ou la congélation des gélules en premier diminue souvent les effets secondaires courants, selon WebMD.
Les suppléments d'huile de poisson sont généralement sans danger pour la plupart des gens, y compris les femmes enceintes et qui allaitent, tant que le supplément est pris à faible dose, selon WebMD. Étant donné que de grandes quantités d'huile de poisson peuvent réduire l'activité du système immunitaire et sa capacité à lutter contre les infections, les personnes prenant des médicaments et les personnes âgées doivent surveiller attentivement la quantité d'huile de poisson qu'elles prennent. Dans cet esprit, les personnes atteintes du VIH/sida ou d'autres troubles du système immunitaire doivent s'abstenir de prendre de fortes doses de suppléments d'huile de poisson.
Les personnes atteintes d'une maladie du foie doivent procéder avec prudence, car l'huile de poisson peut augmenter le risque de saignement chez celles qui ont des cicatrices au foie, déclare WebMD. Les suppléments d'huile de poisson peuvent augmenter les symptômes de la dépression, du trouble bipolaire et du diabète, et ils peuvent abaisser la tension artérielle de manière trop importante chez ceux qui prennent déjà des médicaments hypotenseurs.