Les pays qui n'ont pas de drapeau rectangulaire sont le Népal, la Suisse et la Cité du Vatican. Ces drapeaux sont carrés, sauf celui du Népal. C'est un double pennon, ou un drapeau en forme de deux triangles.
Le drapeau népalais est rouge vif, ce qui représente la couleur du rhododendron, la fleur nationale. La couleur représente également le courage du peuple népalais. Le pennon supérieur montre le croissant de lune et le bas montre le soleil. La bordure du drapeau est bleue, ce qui symbolise la paix. Certains pensent aussi que les deux pennons symbolisent les deux grands religieux du pays que sont l'hindouisme et le bouddhisme. Ils pourraient également représenter les sommets de l'Himalaya, où se trouve le Népal.
Le drapeau de la Suisse est carré et comporte une croix blanche sur fond rouge. Il symbolise l'honneur, la liberté et la fidélité. C'est le drapeau national depuis 1889 et inspiré du drapeau de Schwyz, l'un des plus anciens cantons du pays.
La Cité du Vatican est l'un des plus petits pays du monde et est dirigée par le Pape. Son drapeau carré a été adopté en 1929 et a une moitié jaune vif et une moitié blanche. La moitié jaune est vide, mais la moitié blanche contient les clés d'or et d'argent de Saint-Pierre et la tiare papale.