Les principaux reliefs du Pakistan comprennent le col de Khyber, le col de Bolan, le plateau du Baloutchistan, la plaine de l'Indus, l'Hindu Kush, la chaîne du Karakoram et les montagnes de l'Himalaya. La plus haute altitude au Pakistan se trouve dans le sommet de la montagne himalayenne K2, qui s'élève à 28 269 pieds au-dessus du niveau de la mer.
Les autres zones montagneuses du Pakistan comprennent la chaîne de Safed Koh, la chaîne de Sulaiman et la chaîne de Kirthar, toutes situées dans une partie du pays connue sous le nom de hautes terres du nord. Les cols entre ces montagnes qui traversent la frontière entre le Pakistan et l'Afghanistan voisin comprennent le col de Khojak et le col de Broghol plus au nord. La zone de la plaine de l'Indus, caractérisée comme la région touchée par l'Indus, comprend à la fois les bassins supérieur et inférieur de l'Indus. Le plateau de Potwar contient les altitudes les plus élevées de la plaine de l'Indus et mène aux contreforts de la chaîne de montagnes de l'Himalaya. Le désert de la vallée de l'Indus est également situé dans les plaines de l'Indus. La plaine du Pendjab est la zone située entre le fleuve Indus et la frontière avec l'Inde. Le plateau du Baloutchistan se situe au sud-ouest du pays et mène à la frontière avec l'Iran. Le désert de Kharan est situé au sud-ouest du pays. Le Pakistan couvre à la fois les plaques tectoniques eurasienne et indienne.