Les baptistes et les presbytériens ont des points de vue différents sur la pratique du baptême. Les baptistes croient que la personne qui se fait baptiser doit professer sa foi en Christ avant d'être immergée dans l'eau, tandis que les presbytériens croient que les gens devraient être aspergés de l'eau comme immersion n'est pas scripturaire. Les presbytériens croient également que les nourrissons peuvent être baptisés, même s'ils ne peuvent pas exprimer leur foi. Les baptistes croient que les gens sont nés dans le péché, ils doivent donc être assez vieux pour se repentir avant d'être baptisés.
Les églises presbytériennes permettent aux personnes qui n'ont pas été baptisées de communier, même si la personne n'a exprimé aucune foi. Les baptistes, quant à eux, n'autorisent que les personnes baptisées et croyantes à participer.
Les baptistes croient que chaque église est indépendante, tandis que les églises presbytériennes doivent répondre aux organes législatifs et judiciaires de l'église. Les membres des congrégations presbytériennes peuvent faire appel au consistoire s'ils sont préoccupés par une mauvaise gestion ou tout autre problème, tandis que les églises baptistes n'ont pas cette disposition.
Les prêtres presbytériens doivent avoir un diplôme universitaire ou une autre preuve d'éducation avant de pouvoir être ordonnés. Le presbytère vérifie également la connaissance du prêtre de l'hébreu et du grec, ainsi que la philosophie, l'éthique et le gouvernement de l'église. Les baptistes croient qu'une personne n'a pas besoin d'un programme d'études pour devenir prêtre ; au lieu de cela, ils croient que Dieu appelle les hommes au ministère et que la connaissance de l'évangile et le désir de sauver les âmes sont tout ce qui est requis.
