L'eau de puits jaune peut être causée par des dépôts de fer qui se dissolvent et pénètrent dans le système de puits à cause de la pluie ou de la fonte des neiges. L'eau de puits jaune est également connue sous le nom de fer rouge et peut également contenir du manganèse. Les bactéries présentes dans les conduites d'eau peuvent également se mélanger au fer et provoquer des taches d'eau jaunes.
Le fer organique est de couleur jaune ou rouge, et ce minéral commun s'infiltre parfois dans les puits qui alimentent les maisons en eau. Pour déterminer si le fer est, en fait, la cause de la teinte jaune dans l'approvisionnement en eau nécessite des tests. Un laboratoire peut tester l'eau pour les niveaux de fer et également tester la présence de bactéries du fer. En général, l'eau jaune des gisements de fer contient de faibles concentrations de fer. Les faibles niveaux de fer de l'eau teintée de jaune ne sont pas considérés comme un danger pour la santé. Néanmoins, il n'est pas recommandé de consommer de grandes quantités d'eau jaune.
La bactérie du fer est également considérée comme inoffensive pour l'homme. Cependant, le fer et les bactéries ferreuses ont tendance à donner à l'eau un goût métallique, ce qui la rend désagréable à boire. De plus, l'eau jaune déforme la saveur du café, du thé et des aliments. L'élimination du fer rouge de l'eau de puits nécessite généralement un traitement de l'eau avec un filtre à charbon ou à sédiments, qui en retire de petites quantités. Un système de filtration du fer utilisant soit l'aération soit l'oxydation chimique est une autre option.