Bien que les perles naturelles et les perles de culture soient réelles, leur création est la plus grande différence entre elles. Les perles naturelles se produisent dans les palourdes et les huîtres lorsqu'un irritant, comme un grain de sable, pénètre à l'intérieur des coquilles des créatures. Pour se protéger, le bivalve l'enduit de nacre, une forme de carbonate de calcium. La nacre protège la palourde de l'intrus et forme des couches au fil du temps, créant une perle naturelle à l'intérieur de la coquille.
Les producteurs de perles insèrent délibérément des graines, qui sont de petites perles ou des morceaux arrondis de coquilles de palourdes, dans les bivalves des coquilles de palourdes pour forcer la création de perles. Le processus de culture nécessite un à deux ans pour produire une perle digne du marché. En revanche, les perles naturelles mettent de nombreuses années à atteindre des tailles souhaitables et peuvent coûter jusqu'à 10 fois plus cher que leurs cousines de culture.
Lorsqu'elles sont inspectées, les perles naturelles ont des couches ressemblant à des oignons causées par une croissance lente. Les perles de culture n'ont pas cette stratification, en raison de leur croissance rapide. Les bijoutiers utilisent souvent cette absence de couches pour différencier les perles naturelles des perles de culture.
Les producteurs de perles sont capables de produire en masse des perles de qualité et de couleur constantes à un coût inférieur pour les bijoutiers et les consommateurs par rapport aux perles naturelles. Les perles naturelles ont toujours un grand prestige dans l'industrie de la joaillerie, mais leur prix les rend moins populaires sur le marché des consommateurs occasionnels.