Selon le US Marshals Service, l'une des premières utilisations des empreintes digitales à des fins d'identification remonte à l'ancienne Babylone, il y a environ 4 300 ans, lorsque les marchands utilisaient les empreintes digitales sur des tablettes d'argile pour finaliser des transactions commerciales. La première utilisation des empreintes digitales à des fins médico-légales dans les enquêtes policières remonte à 1892, lorsque Juan Vucetich, un fonctionnaire de la police argentine, a utilisé les empreintes digitales pour identifier un criminel pour la première fois.
Les cultures antiques de Chine, de Perse, de Grèce, d'Égypte et de Rome utilisaient les empreintes digitales pour établir l'identité à de nombreuses fins, notamment en tant que marques de fabricants sur la poterie, comme décorations, pour signer des contrats commerciaux et pour faire des prêts entre des individus spécifiques. Ils n'ont pas utilisé les empreintes digitales pour identifier un individu inconnu dans la population générale. Les archives légales montrent que pendant la dynastie Qin, qui a duré de 221 à 206 av. Au cours des siècles suivants, des scientifiques et d'autres chercheurs ont étudié les empreintes digitales dans le but de développer une taxonomie de types et de modèles. Les données étaient utiles dans de nombreuses disciplines et ont prouvé aux enquêteurs que les empreintes digitales étaient uniques et pouvaient être utilisées pour établir l'identité avec certitude. Sir Francis Galton est crédité des caractéristiques d'identification des empreintes digitales qui sont encore utilisées par les enquêteurs criminels en 2014. L'utilisation médico-légale des empreintes digitales s'est rapidement répandue au cours du XXe siècle et, en 1971, le FBI avait 200 millions de cartes d'empreintes digitales dans ses dossiers. Ceux-ci sont devenus la base de données du système automatisé d'identification des empreintes digitales.