Uniqlo a été fondée à Hiroshima, au Japon, en 1984. À l'origine, il s'agissait d'un magasin de vêtements décontractés et son nom signifie "Unique Clothing Warehouse". Uniqlo a été fondée au sein de la société Fast Retailing et a été scindée en une filiale en propriété exclusive de Fast Retailing avant son expansion internationale.
La société mère d'Uniqlo, Fast Retailing, s'appelait Ogori Shoji jusqu'en 1991. Ogori Shoji a été fondée en 1949 à Yamaguchi, au Japon. Avant la création d'Uniqlo, Ogori Shoji vendait des vêtements pour hommes via la chaîne de magasins Men's Shop OS. Uniqlo a été le premier magasin de vêtements unisexes de l'entreprise.
La boutique a été fondée pour proposer des vêtements adaptés à tous les styles. Les conceptions d'Uniqlo se voulaient simples, afin que les clients puissent les adapter aux garde-robes et aux styles existants. Les produits Uniqlo étaient censés être indépendants des tendances de la mode et des différences de style entre les tranches d'âge, les sexes et les régions.
Uniqlo s'est d'abord développé hors du Japon en 2002. Les magasins internationaux d'origine se trouvaient en Chine et au Royaume-Uni. La société s'est étendue aux États-Unis, à Hong Kong et en Corée du Sud en 2005, et en Malaisie en 2010. Des sites Uniqlo ont également été ouverts en Australie, au Bangladesh, en France, à Macao et en Indonésie ainsi qu'aux Philippines, en Russie, à Singapour, à Taïwan et Thaïlande.