Mewtwo est considéré comme le "boss" final de Pokémon FireRed, et donc, il y a très peu de progression de contenu structuré après avoir capturé et/ou vaincu Mewtwo.
Cependant, cela ne signifie pas que le jeu est terminé. Vous pouvez commencer à entraîner EV votre Pokémon si vous souhaitez affronter d'autres joueurs de manière compétitive. Vous pouvez également chercher à compléter votre Pokédex, mais cela peut s'avérer impossible sans un Gameshark ou un autre appareil de triche. S'il vous arrive d'avoir un appareil de triche, vous pouvez aller explorer les îles de Séville pour un peu plus de scénario ainsi que quelques autres batailles avec des Pokémon légendaires.