Le programmeur suédois Markus Persson a initialement créé "Minecraft" en tant que projet de week-end en mai 2009 en utilisant des outils de codage simples. Il a construit sur cette base sur un cycle de développement de 30 mois. Persson a embauché d'autres programmeurs et a créé le studio de jeux Mojang pour aider au processus de création après que le bouche à oreille extrêmement positif ait fait des versions de développement du jeu un succès retentissant.
Persson, qui est également connu sous son nom d'utilisateur Internet Notch, a été inspiré pour créer "Minecraft" après avoir expérimenté le gameplay émergent et profond d'un programme appelé "Dwarf Fortress". Réalisant que "Dwarf Fortress" comportait des graphismes de caractères ASCII primitifs, Persson a décidé de créer un jeu en monde ouvert similaire, plus intéressant visuellement, tournant autour d'un choix de joueur apparemment illimité. Ce genre de jeu est depuis devenu connu sous le nom de jeu bac à sable en raison de la façon dont les joueurs sont virtuellement plongés dans un petit monde pour construire tout ce qu'ils peuvent imaginer.
Persson a mis en ligne les premières versions de "Minecraft" sur des forums de conception de jeux gratuits. Au cours de quelques mois, il a continué à ajouter des fonctionnalités au programme et a commencé à facturer des frais minimes pour télécharger ce qu'il a appelé une version alpha du titre. Alors qu'il devenait de plus en plus populaire, Persson a embauché des programmeurs et du personnel pour poursuivre le développement de "Minecraft".
Persson et Mojang ont poursuivi le développement de "Minecraft" au cours des deux années suivantes dans une phase bêta payante prolongée au cours de laquelle le titre s'est vendu à 4 millions d'exemplaires. À l'hiver 2011, Mojang a annoncé que "Minecraft" était terminé et n'était plus en version bêta, mais le studio a continué d'ajouter des fonctionnalités et des itérations de modes de jeu existants même après la sortie d'une version finale. Des versions de "Minecraft" ont également été portées sur consoles, tablettes et smartphones, élargissant ainsi la base de joueurs du jeu.