Le meilleur moment pour couper les lys est à la fin de l'automne ou au début du printemps. Les lis doivent mourir complètement avant de les couper, sinon ils peuvent mal pousser au cours de la saison suivante.
Bien qu'il ne soit généralement pas recommandé de couper le feuillage mourant, les lis fanés et mourants doivent être coupés ou cueillis immédiatement de la plante. Laisser des fleurs fanées sur une fleur de lys décourage une bonne croissance. Toutes les feuilles mortes ou fanées doivent être soigneusement coupées de la plante sans enlever trop de feuilles. Les lis atteints de pourriture des racines ou de maladie de la mosaïque doivent être complètement éliminés de la zone pour éviter la propagation de la maladie.