Les tomates pourrissent sur la vigne pour plusieurs raisons, notamment une humidité irrégulière, trop de soleil, une infestation de parasites et une exposition aux maladies. Les trois premiers problèmes peuvent être résolus au fur et à mesure que la plante pousse pour réduire la pourriture à l'avenir fruits, mais les cultures exposées aux maladies doivent être détruites.
L'infestation de parasites est l'un des problèmes les plus faciles à diagnostiquer car les insectes sont souvent présents et leurs effets sont distincts. Les punaises créent des taches sombres sur les tomates lorsqu'elles se nourrissent, laissant une zone qui jaunit ou reste verte lorsque le fruit mûrit. Les cornes se trouvent souvent sous les feuilles, et leurs marques d'alimentation sont apparentes sur les feuilles et les fruits.
Lorsque les tomates reçoivent trop de soleil, une condition appelée insolation se produit et les fruits développent des taches blanches avec une texture coriace. La pourriture apicale se produit lorsque les tomates reçoivent une humidité irrégulière, inhibant la capacité de la plante à recevoir du calcium. La pourriture provoque des taches brun clair sur le bout de la tomate, et ces taches finissent par devenir noires.
Les tomates sont sensibles au mildiou, au virus de la mosaïque du tabac et au flétrissement. Les signes de ces maladies comprennent des zones grises et moisies sur le fruit, ainsi que des feuilles déformées et des chancres sur le fruit ou la tige. Les maladies qui affectent les tomates peuvent rester dans le sol, et le service de vulgarisation de la Colorado State University recommande de planter d'autres cultures dans les zones touchées pendant au moins deux ans après la découverte de la maladie.