Parce qu'il s'agit d'un Pokémon de type roche/vol, Aerodactyl a des faiblesses naturelles face aux attaques de roche, d'acier, d'eau, de glace et électriques. Ces éléments infligent le double des dégâts normaux qu'ils causent à un Pokémon qui avait zéro résistance et zéro faiblesse pour eux.
Aérodactyle a une défense naturelle élevée car c'est un type de roche. De plus, être de type volant lui confère une immunité totale aux attaques au sol. Cette combinaison en fait l'un des rares types de vol avec une très bonne défense générale et une bonne quantité de résistances, mais la majorité des types, tels que les fées, les ténèbres et les psychiques, qui infligent des dégâts complets sont tout aussi nombreux et rendent Aerodactyl sensible au statut maux.
