Selon le manuel en ligne de bactériologie de Todar, la toxicité sélective fait référence à la capacité des antibiotiques à cibler sélectivement les cellules bactériennes sans toutefois avoir de toxicité vis-à-vis des cellules humaines. Les antibiotiques les plus sélectivement toxiques ciblent la synthèse de la paroi cellulaire bactérienne, la synthèse des acides nucléiques bactériennes ou la synthèse des protéines bactériennes.
L'indice thérapeutique d'un antibiotique, qui mesure la toxicité sélective, est le rapport entre la quantité de toxicité pour un humain et la quantité nécessaire pour vaincre une infection, selon le manuel en ligne de bactériologie de Todar. Les mesures sélectives de toxicité se réfèrent uniquement aux cellules humaines ; les effets sur les bactéries normalement présentes, telles que celles dans les intestins, sont mesurés séparément.