Francisco Pizarro a découvert et conquis l'empire inca dans ce qui est devenu plus tard le pays du Pérou. Lorsqu'il a établi la première colonie espagnole au Pérou, San Miguel de Piura, le chef inca Atahualpa n'a pas accepté la présence des Espagnols. En conséquence, la bataille de Cajamarca a éclaté et Pizarro a fini par capturer et finalement exécuter Atahualpa. En présence de ce vide de leadership, il était simple pour Pizarro de prendre Cuzco, la capitale inca, et de prendre tout le Pérou pour l'Espagne.
La conquête du Pérou par Pizarro et la conquête du Mexique par Cortes ont eu lieu à peu près au même moment. L'exploit de Pizarro a été considéré comme plus important parce qu'il a amené moins de combattants, a engagé des armées plus importantes et était plus éloigné des avant-postes d'approvisionnement espagnols qui ont fourni de précieuses provisions, des armes et des hommes à l'effort de combat. Pizarro a été assassiné par le fils de son ancien ami, Diego Almagro, que Pizarro avait exécuté après une série de querelles et la sanglante bataille de Las Salinas. Après son décès, sa famille a érigé un palais en son honneur sur la Plaza Major à Truillo. Même aujourd'hui, il reste un sujet de controverse au Pérou car beaucoup le considèrent comme la cause de la destruction d'une grande partie de la langue, de la culture et de la religion indigènes du pays.