L'Indonésie est un archipel situé dans l'hémisphère oriental entre l'Asie du Sud-Est et l'Australie. Le pays partage des frontières avec la Papouasie-Nouvelle-Guinée, le Timor oriental et la Malaisie. Les autres masses continentales voisines comprennent Singapour, les territoires indiens d'Andaman et des îles Nicobar et les Philippines.
Plus de 17 500 îles composent la nation indonésienne, dont les plus grandes sont Sumatra, Java, Bornéo, Sulawesi et la Papouasie. La nation insulaire est entourée de plusieurs plans d'eau, notamment les mers de Java, de Chine méridionale, de Célèbes, de Flores, de Banda, de Bali, de Timor et d'Arafura. Situé le long de l'équateur, l'archipel fait également partie de la division entre les océans Pacifique et Indien.